Залил версию 5.2.6 - работает ном, но периодически пропадают два файла с хостинга, и модуль в админке перестает работать. Доливаю - опять работает. Искать вирус или что это может быть? Защита модуля?
А где ты модуль брал? Если он изначально не под ИонКубом, то, скорее всего, защита. А если закублен был, то может быть и подарочек.
Надо ковырять и смотреть. Для начала можно проверить на внешние запросы поискав вхождение соответствующих функций.