Собственно возник сабжевый вопрос Есть какие то программы, или попросту открывается фотошоп и делается всё в нем?
Шаблоны рисуются в любом редакторе. Обычно это Photoshop или Firework. Затем шаблон верстается под выбранную CMS. В вот какие инструменты используются для верстки - эдо уже другой вопрос.
Хороший дизайнер должен уметь верстать. Эти знания позволяют удачно группировать слои, а это экономит очень много времени верстальщику. По поводу специфики CMS Любой дизайн можно натянуть на любую CMS, вопрос в желании и времени.
По поводу дизайна согласен полностью, что любой дизайн можно натянуть на любой движок, однако одному человеку на любую cms сложновато будет.. сейчас их много и у каждой своя структура. Хотя при желании можно разобратся с любой... (способом изменения дефолтного шаблона)