Созданы домен для России и поддомен для Казахстана, в Яндексе на обоих установлена региональность разные страны, но все равно в России оба индексируюся, также как и в Казахстане. Как сделать запрет на индексацию в другой стране для каждого? Сайты созданы отдельно (у каждого своя папка и своя база). Платформа Opencart 1.5.6.4
Такого решения я не встречал, и наверно нет. Запрет на индексацию делается robots.txt, и максимум что вы сможите сделать это закрыть конкретный сайт от конкретной поисковой системы. Совет: поищите плагин/компонент к Opencart 1.5.6.4 который сможет запрещать индексацию в другой стране, но шансов мало.
Ничего не получиться. Единственный вариант как-то географически ограничить доступ - это по ip (как и предлагали выше), но поисковики не используют региональные ip. Ну, и для поисковика нет такого понятия, как региональная индексация - сайт либо индексируется, либо нет, а региональная привязка влияет только на его позиции в выдаче для запросов из соответствующего региона.